Впервые рассказ был опубликован в «Журнале для всех»  в декабре 1900 года (№ 12), с посвящением Елизавете Михайловне Добровой (1871-1943) – сестре А.М. Велигорской. Отдельным изданием выпущен в «Дешевой библиотеке» товарищества «Знание» (СПБ., 1906, № 53). 

В основу рассказа положено действительное событие: самоубийство дочери священника Андрея Казанского (1830-1903) из церкви Михаила Архангела (Успенской) в Орле. Андреевы были прихожанами этой церкви, и Казанский крестил 11 августа 1871 года их первенца – Леонида. По свидетельству жительницы Орла, родственницы Андреева С.Д. Пановой, причина самоубийства так и осталась невыясненной: «Девушка эта только кончила гимназию. Дома был очень суровый режим; отец был очень строг. Об этом случае тогда много говорили».

Сначала Андреев был о рассказе невысокого мнения и не торопился его отдавать в печать. Летом 1900 г., живя на даче в подмосковном Царицыне, он узнал об объявленном петербургской газетой «Биржевые ведомости»  литературном конкурсе и решил принять в нем участие. Позже писатель объяснял свое желание участвовать в конкурсе так: «… уж очень хотелось деньгу заработать, да и гордость обуяла». Решение  Андреева огорчило М. Горького и В.С. Миролюбова – поскольку «Биржевые ведомости» редактировал Иероним Ясинский – фигура одиозная в демократических литературных кругах. От участия в конкурсе Леонид Андреев отказался, а дальнейшую судьбу рассказа М. Горький взял в свои руки. В начале сентября 1900 года, по своем приезде в Москву, он привел Андреева на собрание литературного кружка «Среда» у писателя Н.Д. Телешова, где и был прочитан рассказ.

Присутствующий на чтении В.С. Миролюбов предложил опубликовать «Молчание» в «Журнале для всех», но, ошеломленный неожиданным успехом, Андреев теперь уже сам изменил свое отношение к этому рассказу и не дал окончательного согласия. Наконец в начале октября 1900 г. Андреев написал Миролюбову: «Только обалдением объясняю я себе мои дикие колебания относительно “Мол<чания>”. Эти нелепые разговоры о “выгодности” до сих пор заставляют краснеть меня. Я прошу Вас взять этот рассказ с одним обязательным условием: не сердиться на меня за прошлое».

Л.Н. Толстой оценил «Молчание» высшим баллом «5».