Грановский заботливо растил своих «наследников», воспринимавших его исторические воззрения и убеждения, а вместе с тем и его возвышенный идеализм. Тем не менее, в конце 1840-х годов положение Грановского в Московском университете начинает меняться.
В 1847 г. сменился попечитель Московского университета: на место С.Г. Строганова был назначен Д.П. Голохвастов. Это обстоятельство было болезненно воспринято не только Грановским и близкими к нему профессорами-западниками, но и их оппонентами славянофилами, которые сравнили нового попечителя с «холерой». Но правление Голохвастова было недолгим и уже в 1849 г. попечителем стал В.И. Назимов. С его приходом положение Грановского в университете не улучшилось. Историку приходилось ежедневно ощущать на себе «мелкие грубые нападки»: «Начальство смотрит подозрительно на мои отношения к студентам. Опять, как и в 1845 году, у меня много врагов. У них одно сокровенное желание – сбыть меня … Мне дают понять, что мне нужно переменить службу».
Но самым страшным для Грановского было не это: «Что значит личная опасность в сравнении с общими страданиями и гнетом. Ведь грубые нападки начальства и все прочие неприятности были лишь частным проявлением безудержной реакции «мрачного семилетия»».
Тяжелая, душная атмосфера «мрачного семилетия» рождала «мучительную хандру» в душе Грановского, но не было и мысли «затаиться», отказаться от активной деятельности, приспособиться к обстоятельствам. В эти годы Грановский также усердно в своих научных трудах и лекционных курсах продолжает «великое дело просвещения в России». Так, по официальному поручению министерства он принимается за подготовку программы учебника по всеобщей истории. Работа была рассчитана на продолжительный срок. Но Грановский был готов с головой уйти в чистую науку. В это же время он активно работает над речью «О современном состоянии и значении всеобщей истории», с которой выступил на торжественном собрании Московского университета в 1852 г., над статьями «О физиологических признаках человеческих пород и их отношении к истории», «Испанский эпос», «Об ослаблении классического преподавания в гимназиях»; лекцией Об Океании и её жителях.
В продолжении научных изысканий Грановский задумал большое сочинение «О характере галлов» и начал черпать материалы для него из иностранных исследований и источников. К юбилею Московского университета 12 января 1855 года историк намеревался напечатать сборник биографий исторических деятелей: Теодориха Великого, Карла Великого и Альфреда Великого.
Университет, лекции, наука – вот в чем Грановский пытался найти отдохновение в это время. Его богатая натура особенно раскрылась и оказывала положительное нравственное влияние на окружающих. «Не только слова его действовали, но и его молчание; мысль его, не имея права высказаться, проступала так ярко в чертах его лица, что её трудно было не прочесть, …» — отмечал друг и единомышленник Грановского А.И. Герцен.
