Публичные лекции Тимофея Грановского упрочили его славу в Москве и университете. Но в тоже время стали предметом оживлённых дискуссий, особенно со стороны  реакционного славянофильства. Готовясь к лекциям, учёный ожидал встретить оппозицию. Так, ещё до начала публичных чтений он писал другу Н.Х. Кетчеру: «Елагина сказала мне недавно, что у меня много врагов. Не знаю, откуда они взялись; лично я едва ли кого оскорбил, следовательно, источник вражды в противуположности мнений. Постараюсь оправдать и заслужить вражду моих врагов».

Мы знаем, что основным объектом публичных чтений Грановского были события средневековой западноевропейской истории. Недоброжелательно настроенные славянофилы упрекали его в том, что он пристрастен к Западу и не читает о России. С нападками в сторону лектора выступили М.П. Погодин и С.Н. Шевырев, который опубликовал в «Москвитянине» статью о первом публичном курсе Грановского. Она стала поводом для объяснительной беседы историка с Попечителем Московского университета графом С.М. Строгановым, после которой положение Грановского стало крайне неустойчивым. Ему намекнули, что с такими убеждениями не место в университете, если он не пойдет на уступки. «Строганов требует невозможного… Он сказал, что при таких убеждениях я не могу оставаться в университете, что им нужно православных и т.п.» — писал историк Кетчеру. Все его попытки возразить Строганову не увенчались успехом. Граф твёрдо стоял на своей позиции: «Есть блага выше науки, их надобно беречь, даже если бы для этого нужно было закрыть университеты и все училища».

Грановский дорожил преподавательской деятельностью,  потому что она давала ему возможность широкого общения с молодежью, возможность высказывать свои убеждения. А его просили отказаться от них! На это он пойти не мог: «Меня или выгонят, — писал Грановский в другом письме, — или я настою на своем, но без уступок, по крайней мере без таких, которых от меня нельзя законно требовать. Университетская деятельность одна составляет цель и прелесть жизни для меня, но я пожертвую всем, когда дело дойдет до крайности».

К счастью, до крайности не дошло! И публичность профессора, пользовавшегося огромным успехом не только у студентов, но и у всего московского общества, сыграла в этом немаловажную роль. Грановского оставили на кафедре, но разлад между западниками и славянофилами стал нарастать…